2019年10月1日,5-羟(qiǎng)甲基化胞嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研(yán)究领域(yù)取得重要(yào)进(jìn)展(zhǎn)。2型糖尿病(T2D)的血(xuè)管并发(fā)症是导致2型糖尿(niào)病致残致(zhì)死的(de)重(chóng)要(yào)病因,一直(zhí)缺乏一种无创便捷(jié)的临床途径(jìng)实现血管并发(fā)症的(de)发生发展(zhǎn)监(jiān)测,达到早发现、早(zǎo)干预,以提高T2D病(bìng)人的整体生(shēng)活质量,减少卫生经济负担。
该研究入(rù)组了(le)62例2型糖尿病病(bìng)人,采用5hmC-Seal技术对血浆(jiāng)cfDNA中表(biǎo)观遗传标志物5hmC的分(fèn)布情(qíng)况进(jìn)行检(jiǎn)测(cè),分(fèn)析5hmC标志(zhì)物与2型糖尿(niào)病血管并发症发(fā)生发展的(de)相关(guān)性(xìng)。结果表(biǎo)明(míng)5hmC标志物的变(biàn)化与(yǔ)T2D合(hé)并(bìng)大(dà)血管/微血管事件具有相关性,主要涉及(jí)一些与血管(guǎn)生物学(xué)和糖尿(niào)病(包(bāo)括(kuò)胰(yí)岛素耐受和炎症反应)相关的基因和信号通路。该研究建立的16个基因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组合(hé)检测可以准确区分有并发症和(hé)无并发症的2型糖尿病(bìng)病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优(yōu)于传统临床(chuáng)变量例如白蛋白尿。除此之外,还建立了13个基因-5hmC标志(zhì)物组合检测(cè),可以进一步区分T2D合并(bìng)单一并发症和多种并发(fā)症[实验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显(xiǎn)优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反(fǎn)映(yìng)了T2D病人大血管/微血管并发症发生过程中(zhōng)的表观遗传变化,因而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发症(zhèng)发生和进展方面具有良好的临床应用前景(jǐng)。
试验设计
本(běn)研究共纳入62例2型(xíng)糖尿病病(bìng)人,包括(kuò)没(méi)有(yǒu)血管并发症的(de)病人12例,有单一(yī)血管并发症的病人34例(24例发生大血管事(shì)件,10例发生微血(xuè)管事件),以及有多种血管并(bìng)发症的(de)病人16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外(wài)周(zhōu)血cfDNA中的5hmC序列,进(jìn)行二代测序,通过生物信(xìn)息学(xué)分(fèn)析(xī)找出并发症组与(yǔ)无并(bìng)发症(zhèng)组之间有显著5hmC修饰差异的基因,单(dān)一并发(fā)症(zhèng)组和多种并发症组之间有显著(zhe)5hmC修饰差异(yì)的基因。随后利用回(huí)归模(mó)型(xíng)对差异基(jī)因进一步筛选、优(yōu)化,弹性网络进一步筛选(xuǎn),计算加权平均分,最后得到一组具有高(gāo)度(dù)灵敏度和(hé)特异(yì)性的5hmC生物标记物,并(bìng)进一步在实验组(zǔ)中验证,分(fèn)析其(qí)灵敏度和特异性。并(bìng)将新(xīn)建立(lì)的5hmC标(biāo)志物基因组合的检测(cè)性(xìng)能与传统临床(chuáng)变量进行(háng)对比分析。最后对相关基因进(jìn)行了(le)信号通路分析(xī)和(hé)功能探究。
5hmC修饰水平(píng)与血管(guǎn)并发症具有(yǒu)相关(guān)性
利用逻(luó)辑回(huí)归模型对(duì)62例(lì)有并发症和无(wú)并发症2型(xíng)糖(táng)尿病病人的5hmC差异水平进行分析发(fā)现,有并发症2型(xíng)糖尿病病人的(de)622个差异修饰候选基因(包括上调(diào)和(hé)下调基因)的归一化平均数(shù)要明显高于无并发症(zhèng)的病人(P<0.001),但是单(dān)一并发症和多(duō)发(fā)并(bìng)发症病人之间(jiān)没有显著差异。
之后将有单一(yī)并发症或多种并发症(zhèng)的50例病(bìng)人用逻辑回归(guī)模(mó)型进行了对比,发现多种(zhǒng)并发症的(de)病人的153个差异修饰候选基因(包括上调和下调基因(yīn))的归一(yī)化(huà)平均(jun1)数要低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有(yǒu)无并发症患(huàn)者
62例2型糖尿(niào)病病人被随机分成训(xùn)练组(n=31)和测试(shì)组(n=31)。利用弹性网络筛选后(hòu)发现,16基因-5hmC标志物组合(hé)检测可以用(yòng)于区分(fèn)有并发症和无并发(fā)症的(de)2型糖(táng)尿病病(bìng)人。
基于16基(jī)因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发现无并发症病人的(de)分数在训练(liàn)集(jí)和测试集中都明(míng)显低于有并发症的病(bìng)人。只考虑加权(quán)平均(jun1)分(fèn)的话,受试者工作(zuò)特(tè)征曲线(ROC)分析表明(míng)将cutoff值设置成0.5时(shí),在(zài)测试组中中的灵敏度为60%,特异性为100%。 5hmC标志(zhì)物可区分(fèn)病人是单一并发症还是多(duō)种(zhǒng)并(bìng)发(fā)症 50例有并发症的2型糖尿病病人被随(suí)机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性(xìng)网络(luò)筛选后发现,13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病病人是否发生(shēng)单一并发症或(huò)多种并发症。 基于13基(jī)因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了(le)单一并发(fā)症和(hé)多种并(bìng)发症的(de)加权平均分,发(fā)现在训练集(jí)和测试集中单一(yī)并发症和多种并发症病人的分数(shù)都有明显差异。值得一(yī)提(tí)的是,有(yǒu)肾病(bìng)并发症和无(wú)肾病并发(fā)症病人的分数也有明显差异。利用加权(quán)平均分作为判断标准的(de)受试者工(gōng)作特(tè)征曲线(ROC)表明(míng),在(zài)测试组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特(tè)异性(xìng)为68.8%。 5hmC标(biāo)志(zhì)物与传统临床变量/危险因(yīn)子的(de)对比 我们评估了不同临(lín)床变量(liàng)/危险因子用于监测血(xuè)管并发(fā)症的灵敏度和特异性(见(jiàn)表1)。
总体来说,结果表(biǎo)明一些(xiē)临床(chuáng)变量(如尿液白蛋白(bái)、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵(líng)敏度和特异(yì)性,但是整体(tǐ)准确度(dù)仍(réng)然差强人意(yì),因此临(lín)床需要更(gèng)加(jiā)准确的方法。另外,我们还在训练组中建立(lì)5hmC和(hé)不同临床变(biàn)量的多变(biàn)量组合模型进行评估,该模型加权平均分的(de)AUC要明显大于传统(tǒng)临床变量的AUC。若将这(zhè)些临床变量(liàng)与加(jiā)权(quán)平(píng)均分进行(háng)结(jié)合,AUC也(yě)将进一步提高。因此,该多变量模型表明加权平均分可作为一个独立的指标用于监测2型糖尿病血管并发(fā)症。
信号通路(lù)分析和功能(néng)探究 有并发症和无并发(fā)症病人的(de)135个差异候(hòu)选基因(yīn)的功能注释分析表明,这些基因主要富集在一些经(jīng)典的(de)信号通路。错误发(fā)现(xiàn)率相关(guān)P值(zhí)位于前10%和基因(yīn)数目≥3的(de)信号通(tōng)路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导(dǎo)的信号通路(lù)与胰(yí)岛素抵抗及炎症反应相(xiàng)关,在血管生物学和糖尿病发生(shēng)发展过程中(zhōng)发挥重要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编码(mǎ)基因(yīn)[泛素(sù)B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选(xuǎn)基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者(zhě)。在这135个(gè)差异候选基(jī)因中(zhōng), 一(yī)些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现(xiàn)出与糖尿病病程(chéng)相关的倾向(xiàng),表(biǎo)明5hmC和糖尿病血管(guǎn)并发症(zhèng)之间(jiān)可(kě)能存在时间依赖性的(de)相互作用。基(jī)于纵(zòng)向时间队列的(de)大样本研究,将(jiāng)可进一步明(míng)确(què)5hmC变(biàn)化和糖尿病持(chí)续时间之间的动态关联。关于单一(yī)并(bìng)发症和(hé)多种并发症病(bìng)人(rén)的159个候选标志基因的(de)功能(néng)注释研(yán)究发(fā)现,存在细(xì)胞-细胞连接、胶原蛋白(bái)形成、新(xīn)陈代谢、细胞应激应答信号通路(lù)的(de)富(fù)集(jí),这些信号通路均与细(xì)胞(bāo)基(jī)本(běn)功能密切相关(guān)。 研究意义 血管并(bìng)发症是三分(fèn)之(zhī)二糖(táng)尿病(bìng)病人的死亡(wáng)原因,若(ruò)能及早有效控制血(xuè)管(guǎn)并发症的发生,将(jiāng)极大地改善糖尿病病人的生存质量。该研究建立了(le)一(yī)种利用cfDNA进(jìn)行(háng)2型糖(táng)尿病血管并发症(zhèng)监(jiān)测的(de)无(wú)创(chuàng)便(biàn)捷(jié)方法,较(jiào)目前临床标志物能更准确地监(jiān)控(kòng)血管并发症(zhèng)的发生,从(cóng)而提示(shì)临(lín)床及早(zǎo)采(cǎi)取应(yīng)对措施,有效(xiào)控制(zhì)病情进(jìn)展。
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