2019年10月1日,5-羟(qiǎng)甲基化(huà)胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域(yù)取(qǔ)得重要进展。2型(xíng)糖尿病(T2D)的(de)血管并发症(zhèng)是导(dǎo)致(zhì)2型糖(táng)尿病致残致(zhì)死的重要(yào)病因,一直缺乏一种无创便(biàn)捷(jié)的(de)临床途径实(shí)现血管并发症(zhèng)的(de)发生发展监(jiān)测,达到早发现、早干预,以提高T2D病(bìng)人的整体生活质(zhì)量,减少卫(wèi)生(shēng)经济负担。
该研究入组(zǔ)了62例2型糖尿(niào)病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表(biǎo)观(guān)遗传标志物(wù)5hmC的(de)分布情(qíng)况进(jìn)行(háng)检测,分(fèn)析5hmC标志(zhì)物与2型糖(táng)尿病血管并发症发(fā)生发展的相关性。结(jié)果表明(míng)5hmC标志物(wù)的变化与T2D合并大(dà)血管/微血管(guǎn)事件具有相关性,主(zhǔ)要涉及一些与血管生物学和糖尿(niào)病(bìng)(包括胰(yí)岛(dǎo)素耐受和炎症反应)相关的基因和信号(hào)通路。该(gāi)研(yán)究建(jiàn)立的16个基因(yīn)-5hmC标志(zhì)物组合检测(cè)可以准确(què)区分有并发(fā)症和无并(bìng)发症的(de)2型(xíng)糖尿病(bìng)病人(rén)[实验(yàn)组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床变量例如白蛋白尿。除此(cǐ)之外,还(hái)建立了13个基因-5hmC标(biāo)志物(wù)组合检测,可以进一(yī)步区分T2D合(hé)并单一并发症和多(duō)种并发症[实验(yàn)组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同(tóng)样明显优于其他传统(tǒng)临床变(biàn)量(liàng)。该研究得出结(jié)论,5hmC标志物(wù)反映了T2D病人大(dà)血管/微(wēi)血管并发症(zhèng)发生过(guò)程中(zhōng)的表观(guān)遗(yí)传变化,因(yīn)而5hmC-Seal检测技(jì)术在监测糖尿病血管并发症发生和进展方(fāng)面具有良好的临床(chuáng)应用前景。
试(shì)验设计
本(běn)研究共纳入62例2型糖(táng)尿病(bìng)病(bìng)人,包括(kuò)没有血管(guǎn)并发症(zhèng)的病人12例,有单一血管并(bìng)发症的病人34例(24例发生大血(xuè)管事(shì)件,10例发生微血管事件(jiàn)),以及有多种血管(guǎn)并发症的病人16例。试(shì)验收集62例(lì)病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕(bǔ)获外周血(xuè)cfDNA中的5hmC序列,进行二代测序,通过生物(wù)信息学分析找出并发(fā)症组与(yǔ)无(wú)并发症(zhèng)组(zǔ)之间有显著5hmC修饰差异的基因,单一并发症组和(hé)多种并发症组之间有显著5hmC修饰差异的(de)基因(yīn)。随后利用回归(guī)模型对差异基(jī)因进(jìn)一步(bù)筛(shāi)选、优化,弹性网络进一(yī)步筛(shāi)选,计算加(jiā)权(quán)平均分,最后得到一(yī)组具有(yǒu)高度灵敏度和特异(yì)性的5hmC生物标记物,并进(jìn)一步在实验(yàn)组中验(yàn)证,分析(xī)其灵敏度(dù)和特异(yì)性。并将新建立的5hmC标(biāo)志物基因(yīn)组合的(de)检测性能与传统临床变量进行(háng)对比分析。最后对相(xiàng)关基因进(jìn)行了信号(hào)通(tōng)路分析和功能探(tàn)究。
5hmC修饰水平(píng)与血管并发症具有相关性(xìng)
利用逻辑回归模型对62例有并(bìng)发症和无并发(fā)症(zhèng)2型糖尿病(bìng)病(bìng)人的(de)5hmC差异水平进行分析发现,有并(bìng)发症2型糖(táng)尿病(bìng)病人的622个差异修饰(shì)候选基因(包(bāo)括(kuò)上调和下调基因)的归(guī)一化(huà)平均数要明显高于无并(bìng)发(fā)症(zhèng)的病人(P<0.001),但是单一并发症(zhèng)和多发并发症病(bìng)人之间没有(yǒu)显著(zhe)差(chà)异(yì)。
之后将有单一并发(fā)症或多(duō)种(zhǒng)并发症的50例病人用逻(luó)辑回归模型进行(háng)了对比,发(fā)现多种并发症的(de)病人的153个差异修饰候选基(jī)因(包括上(shàng)调和(hé)下调基因)的归一化(huà)平均数(shù)要(yào)低于无并(bìng)发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可(kě)区分有无并发症患者
62例2型糖尿病病人(rén)被随机分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛选后发现,16基(jī)因-5hmC标志物组合检测可以用于区分有并发症和无并发(fā)症的2型(xíng)糖尿病(bìng)病人。
基(jī)于16基因组(zǔ)合(hé)模型(xíng) (Detection Model 1) 的加权平均分分(fèn)析(xī),发现无并发(fā)症病人的分数在训练(liàn)集和测(cè)试集中都(dōu)明显(xiǎn)低于(yú)有(yǒu)并(bìng)发症的(de)病(bìng)人。只考虑加权平均分的话,受试者工作特征曲线(ROC)分析表明(míng)将cutoff值设(shè)置成0.5时,在测(cè)试组中(zhōng)中的灵(líng)敏(mǐn)度为60%,特异(yì)性为100%。 5hmC标志(zhì)物可区分病人是单一并发症还(hái)是多种(zhǒng)并发症 50例有并发症的(de)2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利(lì)用弹性(xìng)网(wǎng)络(luò)筛(shāi)选后发现,13基因(yīn)-5hmC标(biāo)志物组(zǔ)合可(kě)以区分2型(xíng)糖尿病病(bìng)人是否发生单(dān)一并发症(zhèng)或多种并发(fā)症。 基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症(zhèng)和多种并发(fā)症的加权平均(jun1)分,发(fā)现在(zài)训练集和测试集中单一并发症和多种并发(fā)症病人的分(fèn)数都有明显(xiǎn)差异。值得一提的(de)是,有(yǒu)肾病(bìng)并(bìng)发症和无(wú)肾病(bìng)并发症病人的(de)分数也(yě)有明显(xiǎn)差异。利用加(jiā)权(quán)平均分作为判断标(biāo)准的受试者工作特征曲(qǔ)线(ROC)表明(míng),在测试组中(zhōng)当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标(biāo)志物(wù)与传统临(lín)床变量/危险因子的对比 我们(men)评估(gū)了不同临床变量(liàng)/危险因子用于监(jiān)测血管并(bìng)发症的灵敏度和特异性(见表(biǎo)1)。
总体(tǐ)来说,结果表明一些临(lín)床变量(如尿液白蛋白(bái)、血清ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂蛋白a)虽(suī)然具有(yǒu)一定的灵(líng)敏度和特(tè)异性(xìng),但是整体准确度(dù)仍然差强人意,因此临床需要(yào)更加准(zhǔn)确的方法。另(lìng)外(wài),我们还在训练组中建立(lì)5hmC和不同临床(chuáng)变量的(de)多(duō)变量组合模型进(jìn)行评估,该模(mó)型加权平均分(fèn)的AUC要明显大于传统(tǒng)临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权(quán)平均分进行结(jié)合,AUC也(yě)将进一步(bù)提高。因此,该多变量模(mó)型表(biǎo)明加权平均分(fèn)可作为一个独(dú)立的指标用于监测2型糖尿病血管并发症(zhèng)。
信(xìn)号通路分析(xī)和(hé)功能探究 有并发症(zhèng)和无(wú)并发(fā)症病人的135个差异候选基因的功能注释分析表明,这些基(jī)因主要富集在(zài)一些经典的信号通路。错误发(fā)现率相关P值位(wèi)于前(qián)10%和基因数(shù)目≥3的信号通路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的信号通路与胰(yí)岛素抵(dǐ)抗及炎症(zhèng)反应相关,在血(xuè)管生物(wù)学(xué)和糖尿病发生发展过程(chéng)中发挥重(chóng)要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明(míng),泛素编码基(jī)因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基(jī)核糖体蛋白(bái)融(róng)合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重(chóng)要(yào)连接者。在这135个差异(yì)候选基因中, 一些基因(yīn) (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出(chū)与糖尿(niào)病病(bìng)程相关的倾向(xiàng),表明5hmC和(hé)糖尿(niào)病(bìng)血管并(bìng)发症(zhèng)之间可能(néng)存在时间依赖性(xìng)的相互作用。基于纵(zòng)向时间队列的大样(yàng)本研究(jiū),将(jiāng)可进一步明确5hmC变化(huà)和糖(táng)尿(niào)病持续(xù)时间之(zhī)间的动态关(guān)联。关于单一并发症和多种并发症病人的159个(gè)候(hòu)选标志基因的功能注释(shì)研究发现(xiàn),存在细胞-细胞(bāo)连接、胶原(yuán)蛋白形成、新(xīn)陈代谢、细胞应激应(yīng)答信号通路的(de)富集,这些信号通路(lù)均(jun1)与细胞基本功能密(mì)切(qiē)相(xiàng)关。 研(yán)究意义(yì) 血管并(bìng)发症是三分之二糖尿病(bìng)病人(rén)的死亡原(yuán)因,若能(néng)及早有效控制血管(guǎn)并(bìng)发症的发生(shēng),将(jiāng)极大地改善糖尿病病人的生存质量。该研究建立(lì)了一种利用cfDNA进行2型糖尿病血管(guǎn)并发症监测的无创便捷方(fāng)法(fǎ),较目前临床(chuáng)标志物(wù)能更准(zhǔn)确地监控血管并发症(zhèng)的发生,从而提(tí)示临(lín)床及早采取应(yīng)对措施,有效(xiào)控制病情进(jìn)展。
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